Kekkei Genkai
Kekkeigenkai "Linhagem Sangüínea Avançada" ou "Linhagem Avançada") é uma propriedade passada geneticamente dentro de um clã (ex: Sharingan do Clã Uchiha, Byakugan do Clã Hyuuga) ou por mutação (ex: Mokuton de Senju Hashirama - Shodaime Hokage) que não pode ser imitado ou duplicado por métodos normais, embora seja possível copiá-los usando manipulação genética (Como no caso do Yamato) ou atráves de transplante (como com o sharingan doHatake Kakashi). Todo indivíduo detentor de uma "Linhagem Sangüínea Avançada" pode executar Hijutsus, que são Jutsus característicos e/ou exclusivos de seu clã. Kekkei genkai são benéficos, e geralmente ajudam um Shinobi (Ninja) durante as suas batalhas ou em outras situações.Os líderes de várias aldeias e nações estiveram sempre de olho nestes usuários por seu grande potencial, até o ponto de que antigamente lhes associavam à guerras e dor, por isso eram perseguidos por gente normal. E eventualmente chegando ao ponto de causar medo e ódio, resultando em extermínio de famílias e indivíduos com kekkei genkai.
BYAKUGAN
O Byakugan "Olho Albino, ou, Olho Branco")é uma habilidade nos olhos que naturalmente ocorre em membros do Clã Hyuuga (e somente membros do Clã Hyuuga o possuem). Usuários do Byakugan são caracterizados por seus olhos com íris lilás-clara, e falta da presença de pupilas. Quando o Byakugan está ativado, suas pupílas de alguma maneira aparecem e veias perto de seus olhos dilatam-se. Uma pessoa com Byakugan tem uma visão de 360 graus (360º), exceto por um ponto cego atrás da nuca, sobre a primeira (1)ª vertebra, que é a única fraqueza conhecida. Usuários de Byakugan podem detectar qualquer elemento ao redor deles em uma distância de 50 metros (50m), embora Neji Hyuuga tenha conseguido aumentar esse limite para mais de 800 metros (800m), fazendo deles combatantes experientes em luta de longo alcance e de curto alcance. O Byakugan também possibilita ao usuário a habilidade de enxergar atráves de elementos sólidos, não importando a distância. O Byakugan dificilmente pode ser bloqueado, exceto em algum caso como com o Doujutsu de Ranmaru (Akagan), que pode bloquear o Byakugan com algo suficientemente opaco. O aspectos mais poderosos do Byakugan é a habilidade de ver o sistema circulatório Chakra, que é o aspecto chave para o uso do Juuken Ryuu, estilo de Taijutsu do Clã Hyuuga. Se bem treinado, o Shinobi portador do Byakugan é capaz de ver os Tenketsus de um indivíduo, permitindo ao usuário parar ou intensificar o fluxo de Charkra do oponente completemente, tal que o oponente é incapaz usar técnicas que requerem Charkra ou seja dependerá somente de Taijutsu.
SHARINGAN
Esse é o Doujutsu do Clã Uchiha, o Sharingan é o olho que prevê movimentos e copia qualquer Jutsu, exceto os provenientes de Kekkei Genkai. Esse Doujutsu possui, além da previsão de movimentos, a visão de fluxo de Chakra, sendo essa a habilidade mais usada pelo Clã Uchiha para copiar e ver através dos Jutsus de adversários, porém, se for bem desenvolvido, pode ter outras ultilidades, como o uso poderosos Genjutsus. O Clã Uchiha pode ver através de qualquer Jutsu, e conseqüentemente encontrar seu ponto fraco e descobrindo funciona e assim destruí-lo com um contra ataque, ou copiando-o. Para despertá-lo é necessário que o membro do Clã Uchiha experimente uma forte sentimento (excitação, perigo, medo, raiva, ódio). Foi o caso de Uchiha Obito e de Uchiha Sasuke, onde ambos em ocasiões desesperadoras, onde seus amigos corriam perigo,despertaram o Sharingan. O Sharingan é considerado um dos mais poderosos Doujutsu, devido ao fato de possuir diferentes escalas de poder, ou seja, o Sharingan evoluí.
RIN'NEGAN
O Rin'negan é o mais venerado dos Doujutsus. O Rin'negan é caracterizado por um número de círculos ao redor da pupila do usuário, e este seu poder vem sendo dito é capaz de salvar ou destruir a terra. Diferente dos outros Doujutsus, este parece estar ativado todo tempo. Ele era usado pelo Eremita dos Seis Caminhos, dito o precursor de todos os Ninjas do Mundo e o criador dos primeiros Ninjutsus. Pein, o atual, e único, conhecido usuário desta habilidade, ativou - o na sua infância para salvar um de seus amigos. Pelo que Nagato (Pein) disse, Yahiko morreu há um tempo atrás, por isso que o corpo de Yahiko faz parte dos corpos que "compõem" Pein. Pein se fez supor que possui o poder da clarividência, e parece que esse Doujutsus permite mais de um Contrato de Sangue (talvez um de cada corpo que possua). Ele também tem vários outros corpos que varia dependendo da necessidade. O Rin'negan tem o poder de controlar todos os elementos e com isso, permite ao usuário utilizar qualquer Ninjutsu que quiser, até mesmo os de Invocação.
HYOUTON
A Linhagem Sangüínea Avançada do Haku Koori, Hyouton "Elemento gelo") permite combinar vento e água baseado no chakra para criar gelo, também podia manipular, como visto num flashback do anime onde ele estava manipulando água em suas mãos e outra vez quando ele usa água para criar gelo através de sua casa congelando a água. O gelo que Haku criou era imune a ataques de fogo, somente derretia em contato com chamas Solares (disse Haku). Usando suas habilidades especiais, Haku desenvolveu os Espelhos de Gelo Demoníacos, que permitiam-no criar um número de espelhos feitos de gelo para usar como um escudo ou armadilha para o oponente. Haku podia entrar nestes espelhos e mover-se entre eles na velocidade da luz, permitindo facilmente atacar os outros e não se preocupar com um contra-ataque.
MOKUTON
O Mokuton "Manipulação de Madeira") são jutsus que combinam terra e água baseado no chakra para criar madeira. Técnicas Mokuton podem ser produzidas em qualquer lugar, incluindo o corpo do usuário, como o chakra do usuário é literalmente convertido em força vital. O Primeiro Hokage foi o originador desta habilidade, evidenciado pelo fato de que nenhum de seus descendentes foi mostrado capaz de usar Mokuton. A habilidade do Shodaime de usar Mokuton era a razão para ter ganho o título de Hokage, e com A Técnica Secreta de Manipulação da Madeira: Gênesis da Floresta, ele era capaz de fazer crescer as árvores que servem como fundação de Konoha.
SATETSU
Como dito por Chiyo o Sandaime Kazekage possuía atribuições físicas que lhe possibilitava utilizar a Areia de Ferro (Pó de Ferro), além de seu Chakra possuir características eletromagnéticas. Essa manipulação única lhe possibilita utilizar jutsus únicos.
SHICOTSUMAKU
Shikotsumyaku "Pulso Ósseo Mortal" é o kekkei genkai do extinto clã Kaguya, que dava-lhes a habilidade de manipular sua estrutura esquelética. Eles tinha livre controle sobre suas células ósseas podendo fazer crescer ou repor ossos, permitindo-lhes manipular seus ossos a sua vontade. Eles podiam protuberar-lhes para fora da pele, mudar-lhes a densidade, e podiam até regenerar completamente um osso perdido. Um exemplo disto é o Balas Perfuradoras dos Dez Dedos, que atira as falanges dos dedos do usuário feito balas. Tudo isso faz seus corpos virtualmente indestrutíveis, e alguns pontos de contato no corpo podiam se tornar afiados como lança, dando - lhes uma defesa absoluta. A habilidade parece ser bem rara entre os membros do clã, como Kimimaro Kaguya que era o único que exibia esta habilidade no clã inteiro.